Текст уведомления здесь

Библиотека живого

«Ноев ковчег», депозитарий живых систем МГУ, подвел итоги трехлетней работы

В эту среду в МГУ были подведены итоги работы над проектом «Ноев ковчег»: ученые описали более 200 новых видов живых организмов, провели 150 научных экспедиций, опубликовали более 900 научных статей, подали 15 патентных заявок, создали вторую в России криоколлекцию клеток растений и «Клеточную палату мер и весов», а также информационную систему, объединяющую все типы биологических материалов из коллекций МГУ.
Добавить в закладки
Комментарии

Работа над «Ноевым ковчегом», который ставил целью исследование, сохранение, полезное использование биологического разнообразия нашей планеты, а также создание депозитария клеточного материала всего живого, что было и есть на Земле, началась в 2015 году, после того как МГУ получил грант РНФ «Научные основы создания Национального банка-депозитария живых систем» размером в 750 млн рублей. Софинансирование со стороны МГУ составило примерно 187 млн рублей. Проект был разделен на пять направлений: «Животные», «Растения», «Микроорганизмы и грибы», «Биоматериал человека» и «Биологическая информация».

«К моменту начала проекта у нас насчитывалось 150 различных биологических коллекций. Это и была та база [на которой строился проект «Ноев ковчег»]. Они не использовались тогда в полную силу, потому что не было единого формата, не было финансирования, и, собственно, на решение этой проблемы мы нацелили первую фазу проекта, поддержанного грантом РНФ», — рассказал ректор МГУ Виктор Садовничий в среду на конференции, посвященной подведению итогов проекта.

Над проектом работали 350 ученых, представителей самых разных областей знания — от химии и математики до философии и психологии — из 14 подразделений университета.

Открытые данные

Одним из главных результатов работы над проектом Садовничий считает создание  информационной системы «Ноев ковчег», для подготовки которой ученые не только провели инвентаризацию всех биоколлекций МГУ, но и разработали формат представления этих сильно различающихся данных.

«Это позволило нам в конце 2016 года запустить информационную систему "Ноев ковчег", — заявил Садовничий. — Это все не имеет аналогов в мире, потому что содержит данные о самых разных типах. Мне кажется, это важно, поскольку это дает возможность сравнивать друг с другом разнородное количество образцов. Мое убеждение, что за таким подходом — будущее. И мы гордимся тем, что мы первыми в мире предложили научному сообществу такую интерактивную платформу для подобных исследований».

На сегодняшний день в систему загружено 66 коллекций МГУ, среди которых коллекция Зоологического музея университета — самая большая биологическая коллекция МГУ. Она содержит 10 млн образцов. Для работы с ними в рамках проекта созданы новые лаборатории, в которых специалисты могут секвенировать  ДНК образцов.

В систему вошел и гербарий, который содержит более миллиона растений со всех уголков мира. Его сканирование продолжалось все четыре года работы над проектом, а изображения сразу выкладывали в интернет, в открытый доступ. Общее же количество оцифрованных образцов в системе составляет 1,1 млн. Это количество будет расти, поскольку оцифровка и загрузка новых образцов продолжаются.

Помимо коллекций МГУ в систему загружены данные восьми коллекций других организаций. И, по словам Садовничего, университет постоянно получает все новые запросы на оцифровку.

«Создание такой системы позволило МГУ стать крупнейшим поставщиком данных для всемирной базы данных по биоразнообразию (по-видимому, здесь ректор имел в виду Глобальный информационный фонд по биоразнообразию — прим. «Чердака»). Фактически эти системы, международные базы данных, были синхронизированы. И теперь на долю МГУ приходится более трех четвертей всех российских данных [о биообразцах]... Мы на практике продемонстрировали эффективность подхода к биологическим коллекциям и создали распределенный депозитарий живых систем МГУ. Я рассматриваю это как новый объект инфраструктуры университета», — сказал Садовничий.

Другие итоги

В рамках проекта за четыре года ученые организовали 150 экспедиций, по результатам которых описали более 200 новых видов живых организмов. Садовничий подчеркнул, что «ни один проект в мире не позволил открыть сразу столько новых видов». Кроме того, было подано 15 патентных заявок и опубликовано более 900 научных статей. Получается, что в среднем на публикацию одной статьи у работавших над проектом ученых уходило примерно полтора дня.

Для работы с биологическим материалом в МГУ была создана вторая в России криоколлекция клеток растений. Всего же в мире их насчитывается не больше 10. Кроме того, ученые организовали «Клеточную палату мер и весов».

«Одна из самых острых проблем — отсутствие клеточных стандартов. В теле человека более 200 типов клеток, и они зачастуют переходят из одного типа в другой в течение человеческой жизни. Чтобы знать, к какому типу относится та или иная клетка, нужно их с чем-то сравнивать. Именно для этого в рамках проекта "Ноев ковчег" была создана "Клеточная палата мер и весов". Это коллекция эталонных клеток разных типов», — заявил Садовничий.

Однако продолжение работ требует нового финансирования, поскольку грант был рассчитан до 2018 года.

Генеральный директор РНФ Александр Хлунов, в свою очередь, предложил руководству МГУ обратиться в правительство РФ с просьбой выпустить специальное постановление правительства, которое будет предусматривать дальнейшую поддержку этого проекта в обмен на обязательства эффективной работы со стороны МГУ.

Добавить в закладки
Комментарии
Вам понравилась публикация?
Расскажите, что вы думаете, и мы подберем подходящие материалы

Стать астронавтом, упасть в черную дыру и потерять зрение

Редакция «Чердака» — о впечатлениях от VR-программы фестиваля «Политех 360»

В этом году на фестивале научного кино «Политех 360» помимо конкурсной программы можно еще и посмотреть кино в очках виртуальной реальности. Корреспонденты «Чердака» не преминули в буквальном смысле окунуться в кино о науке и технологиях — и теперь рассказывают, каково это.
Добавить в закладки
Комментарии

Потрогай мир

Hold the world (2018)

Подобно тому как русские дети знакомятся с природой под голос Николая Дроздова, английские дети вырастают на рассказах Дэвида Аттенборо. Программа «Потрогай мир вместе с Дэвидом Аттенборо» — это шанс почувствовать себя маленьким англичанином, который очутился в лондонском музее естествознания. Аттенборо проводит виртуальную экскурсию на английском языке, поэтому посетителям может быть непросто разобраться во всех тонкостях устройства экспонатов. Зато взрослые получат огромное удовольствие не только от классического британского акцента, но и от возможности наконец-то внимательно разглядывать скелеты и окаменелости.

Hold the world with David Attenborough
[ ... ]
Читать полностью

Этика генетика

Китайские ведомства уже сформулировали свою этическую позицию по отношению к эксперименту Хэ Цзянкуя. «Чердак» попытался выяснить, что думают российские

Новость о том, что в Китае появились первые генетически модифицированные дети, подняла волну реакций по всему миру: с заявлениями, оценивающими поступок Хэ Цзянкуя, выступили как отдельные ученые, так и институты — от университетских кафедр до академий наук и министерств. «Чердак», в свою очередь, постарался выяснить, какую позицию по этому вопросу занимают специалисты и ведомства в России.
Добавить в закладки
Комментарии

Биолог Хэ Цзянькуй 26 ноября заявил, что в начале этого ноября родились девочки-близнецы, геном которых он отредактировал на стадии эмбриона. Они были зачаты при помощи ЭКО, при этом их отец — носитель ВИЧ. С помощью системы CRISPR-Сas9 ученый «сломал» у эмбрионов ген CCR5, а затем их трансплантировали в матку. Изменение этого гена должно снизить риск инфицирования ВИЧ, который проникает в клетки человека, пользуясь белком CCR5 как дверью. Насколько можно судить сейчас, опыты Хэ Цзянькуя проводились частным образом, без согласования с органами здравоохранения, хотя и первая публикация о его экспериментах была спровоцирована тем, что в сеть «утек» официальный документ, дающий «зеленый свет» на клинические исследования Хэ. Однако Хэ не только не опубликовал работы в научном рецензируемом журнале, но и не предоставил никаких данных, подтверждающих то, что эксперимент состоялся. Пресса не получила даже фотографии новорожденных.

На этой неделе, уже после того, как заявление Хэ прогремело на весь мир, более ста китайских ученых подписали письмо, в котором осудили этот эксперимент, в том числе по этическим соображениям. А в четверг представитель Министерства науки Китая заявил, что министерство решительно выступает против исследований Хэ, назвав их незаконными. Кроме этого, по сведениям китайской прессы, Министерство науки вместе с Министерством здравоохранения Китая и Китайской ассоциацией по науке и технике потребовали от «соответствующих ведомств» остановить деятельность персонала, задействованного в эксперименте по созданию генно-модифицированных детей.

Эти события важны и небезынтересны для россиян потому, что китайское законодательство официально не запрещает и не разрешает манипуляции с геномом эмбриональных клеток человека. Примерно такая же ситуация с законодательством прямо сейчас существует и в России.

Весной 2018 года правительство РФ опубликовало дорожную карту «Развитие биотехнологий и генной инженерии» на 2018—2020 годы», в которой значилось, что Минздрав к ноябрю нынешнего года подготовит предложения «по совершенствованию порядка проведения доклинических и клинических исследований, регистрации лекарственных препаратов, медицинских изделий, биомедицинских клеточных продуктов, предполагающих изменение генома человека, в том числе эмбриона человека». [ ... ]

Читать полностью

Прозрачный новый мир

ДНК-генеалогия против семейных тайн, убийств и расовой дискриминации

Американская сенатор требует миллион долларов от Дональда Трампа, размахивая генетическим тестом. Мисс Марпл нового поколения раскрывает преступления десятилетней давности с помощью генеалогического сервиса и фейсбука. А недавняя статья в Science заговорщически сообщает, что уже сейчас в базе данных ДНК можно найти родственника не далее троюродного брата более чем для половины европейцев. Что у них там происходит? А у нас?
Добавить в закладки
Комментарии

[ ... ]

Читать полностью