Ученые научились искать гены в ДНК быстрее и точнее

Изображение: bioinformatics101.wordpress.com

Ученые из Германии, Америки и России предложили алгоритм для эффективного автоматического поиска генов.

Разработка, о которой сообщает пресс-служба МФТИ, соединяет в себе преимущества наиболее продвинутых инструментов для работы с геномными данными.

Алгоритм BRAKER1, предложенный учеными, определяет, какие области в ДНК являются генами, а какие — нет. Для этого он определяет наиболее вероятное разбиение генома на кодирующие и некодирующие области. Разработанную программу скачало уже более 1500 различных центров и лабораторий. Тестирование алгоритма показывает его существенно более высокую точность по сравнению с другими алгоритмами. Примерный хронометраж BRAKER1 на одном процессоре составляет около 17,5 часа для обучения и предсказания генов на геноме длиной 120 миллионов пар оснований. В дальнейшем время работы алгоритма может быть уменьшено за счет использования параллельных процессоров.

Определение генов — участков молекулы ДНК, по которым синтезируются РНК и белки, является одной из главных задач биоинформатики. Дело в том, что для многих исследований нужна информация не обо всей ДНК (длина которой составляет два метра для одной человеческой клетки), а только об этих информативных фрагментах ДНК. В будущем с помощью таких данных медики смогут диагностировать в том числе болезни сердца, диабет и рак.

Статья ученых опубликована в журнале Bioinformatics.
Теги: