Сотрудники ИБХ создали программу для анализа иммунитета

Связывание антител с поверхностью клетки. Изображение: keokimed / Vimeo

Группа ученых из Института биоорганической химии (ИБХ РАН) разработала программу для работы с большими объемами данных расшифровки ДНК. Эта разработка ускорит анализ информации о генах иммунной системы и поможет создать методы лечения и терапии нарушений приобретенного иммунитета.

Гены рецепторов, с помощью которых клетки иммунной системы и антитела человека распознают инфекцию, делятся на три группы — V, D и J. В ходе процесса, который называется V(D)J-рекомбинацией, по одному фрагменту из каждой группы соединяются вместе и образуют уникальный ген, кодирующий рецептор, который распознает чужеродные клетки или вирусы. Благодаря рекомбинации количество вариантов структуры рецепторов очень велико — как минимум, 109, а значит, велико и количество возбудителей болезней, которые клетки иммунной системы и антитела могут распознать и обезвредить. Вся совокупность вариантов структуры этих рецепторов называется иммунологическим репертуаром.

Можно определить кодируюущие последовательности этих рецепторов, но разнообразие последовательностей и их сочетаний так велико, что анализировать данные без специальных приложений трудно и долго. Программа, которую разработчики назвали VDJviz, наглядно представляет характеристики последовательностей рецепторов и сравнивает образцы между собой по многим параметрам расшифровки. По словам Ивана Звягина, научного сотрудника лаборатории сравнительной и функциональной геномики Института биоорганической химии РАН, программа простая, бесплатная и не требует навыков программирования. Программу можно скачать или пользоваться онлайн.

Результаты работы были опубликованы в журнале BMC Genomics.

Недавно ученые из Университета ИТМО создали онлайн-сервис для анализа клеточного метаболизма и алгоритм для сравнения данных расшифровки метагеномов.
Теги:

Читать еще на Чердаке: